La riqueza y variedad de la colección la consolidan como una de las más importantes del país. Durante más de 100 años, la familia Arocena ha logrado reunir invaluables objetos artísticos que fueron otorgados en custodia a la Fundación, asegurándose así la creación y permanencia del Museo. A través de este extraordinario acervo es posible apreciar la evolución técnica y estilística del arte y de las artes decorativas en México y Europa, así como sus puntos de divergencia, encuentro e influencias. El recorrido permanente de arte abarca 300 magníficas obras en dos exhibiciones principales: El Arte del México Virreinal y El Arte Europeo.
En la pinacoteca novohispana se exhiben importantes retratos como Sor María Margarita Marcelina del pintor Miguel Cabrera (1695-1768) y obras de temática religiosa como la Virgen Dolorosa , hermosa pintura sobre lámina con marco repujado de plata y el óleo del siglo XVIII titulado Ecce Homo. El gusto barroco por los símbolos y alegorías se observa en la estupenda pintura Alegoría de la Suma Teológica de Santo Tomás de Aquino también del XVIII.
Las obras europeas provienen principalmente de España y datan de los siglos XIV al XIX. El recorrido sigue la evolución de estilos desde el gótico, renacentista, manierista, barroco hasta el neoclásico. En la primera parte pueden apreciarse pinturas sobre tabla hispano flamencas de los siglos XIV al XVI. Del siglo de oro español se exhiben la Virgen de la Inmaculada Concepción, obra del sevillano Bartolomé Esteban Murillo (1617–1682) y San Francisco de Asís frente al crucifijo de la capilla de San Damián, atribuido a Francisco de Zurbarán (1598-1664).
La historia nacional y regional ha encontrado lugar en el Museo Arocena a través de dos exhibiciones: México en el Tiempo y Crónica de la Laguna, ambas ubicadas en la última planta del edificio.
